感染病科位于滨江院区突发楼3楼，共设床位42张，其中2个负压病房，4张负压床。
感染病科依托儿研所的省基因诊断中心、实验检验中心，为中华医学会儿科感染学组副组长单位，浙江省医学会感染病学分会儿科感染学组组长单位，由经验丰富的医师和护理团队组成，博士生导师1名，主任医师3名，副主任医师1名，主治医生6名，住院医师6名。病原体培养和药敏、特异性抗原和抗体、病原特异性基因等病原学检查全面。本科室竭诚为儿童感染性疾病的诊治及随访提供服务，解决部分疑难杂症，改善患儿预后;开展国内外学术交流及学科内多中心合作;积极培养儿童感染性疾病专业人才，参与抗菌药物合理应用相关督查。
科室承担儿科感染性疾病的中英文教学。主持国家自然基金面上项目7项，省部级课题13项。共发表论文60余篇，被SCI收录30余篇。在儿童细菌及病毒感染的分子诊断，HCMV感染、EB病毒感染、甲型H1N1流感病毒感染、疱疹类病毒感染等的发病机理研究方面具有较高的学术水平。首次建立16SrRNA基因芯片诊断细菌感染，引起了国内外同行的高度重视，多次被国内外杂志所引用。执笔起草或参与多个儿童感染性疾病的诊疗建议或指南。
病房主要收治感染性疾病，尤其是发热待查、败血症、细菌性脑膜炎、EB病毒感染、巨细胞病毒感染、甲型流感、发热出疹性疾病、真菌感染和寄生虫感染等儿科感染性疾病的诊断与治疗。在突发或新发传染病疫情时收治传染性疾病。
